Микеланджело, Донатело, Леонардо и Рафаело се завръщат на голям екран, за да се преборят с още по-големи и по-лоши злодеи. На тяхна помощ ще се притекат Ейприл О'Нийл, Върн Фенуик и новобранецът с хокейна маска Кейси Джоунс. След като суперзлодеят Шрьодер бяга от затвора, той се съюзява с лудия учен Бакстер Стокам и двамата му глуповати привърженици Бибоп и Рокстеди, за да изпълнят своя дяволски план да превземат света. Костенурките се подготвят да обезвредят Шрьодер и новия му екип, но се оказват лице в лице с по-голямо зло: всеизвестния Кранг.