지구로부터 220만 광년이나 떨어진 안드로메다 성운에 있는 풍요로운 자연에 둘러싸인 아름다운 행성 아스트리아스. 아스트리아스 별의 왕자 이타카는 공주 리리아를 왕비로 맞이하게 되지만 두 사람의 행복은 그리 오래가지 못한다. 고도로 발달된 문명을 가지고 있는 외우주에서 마더 머신 이라고 불리는 컴퓨터가 행성을 침략하기 시작한 것인데 사람들은 기계에 의해서 영혼을 빼앗기고 코스모라리아 제국은 점차 나라 전체가 컴퓨터에게 침식이 되어간다. 한편 임신을 한 리리아 왕비는 지무사와 아프트라는 쌍둥이 남매를 낳게 되고, 나라를 도망쳐 나온 두 남매는 여러 차례 운명의 장난과 마주하면서도 여검사인 이루와 함께 기계들에게 맞서 싸우게 되면서 안드로메다 스토리즈 스토리는 이어진다.