대공황이 한창이던 1930년대, 테네시주의 조그만 마을인 스모키 마운틴에 리틀 트리(Little Tree: 조셉 애쉬톤 분)라는 소년이 찾아 온다. 체로키 인디언 혼혈인 그는 부모님을 잃고 의지할 곳을 찾아 이곳에 온 것이다. 시골 오두막에서 외롭게 살아가던 할아버지(Granpa: 제임스 크롬웰 분)와 할머니(Granma: 탠투 카디날 분)는 그에게 자연과 함께 호흡하고, 더불어 살아가는 방식을 가르친다. 그러던 어느 날 방울뱀에 물려 사경을 헤매던 할아버지를 보며 리틀 트리는 육신의 덧없음과 영혼의 영원함을 배우기도 한다. 할머니의 자극한 간호 덕에 할아버지는 마침내 건강을 되찾는다. 하지만 곧 인디언 혼혈이라는 이유로 리틀 트리는 혼혈아들을 위한 교육기관에 강제로 입학되고, 인종 차별적인 체벌이 심한 그곳에서 이름마저 조슈아로 바뀐 채 하루하루를 힘겹게 살아간다. 한편 사랑하는 손자와 강제로 헤어져야만 했던 할아버지는 그리움에 지쳐가고 마침내 리틀 트리를 대려오기로 마음먹는다.