O porteiro e o diretor do Museu de História Cultural de Tóquio são as únicas testemunhas da ressurreição do Samurai Negro que tinha prometido vingança. O grupo terá de lutar contra o vingativo Samurai Negro e os seus guerreiros fantasmas para obter a antiga Espada do Destino, uma espada lendária que possui poderes incríveis. Na sua aventura, Scooby e Shaggy aprendem bushido com o Mestre da Espada, que também lhes ensinará todas as técnicas dos samurais. Por outro lado, terão de demonstrar as suas novas capacidades contra um exército imparável de robôs Ninja.