Um misterioso grupo de ninjas faz um ataque surpresa a Konohagakure que provoca grande estrago. O pesadelo de outra Guerra Mundial Shinobi pode se tornar realidade. Sasuke, que ainda estava desaparecido de Konoha tentando eliminar seu irmão, Itachi, aparece pela segunda vez na frente de Naruto em um local desconhecido para evitar que a guerra aconteça.