Våra gröna vänner Donatello, Leonardo, Michelangelo och Rafael är tillbaka! Sist vi såg dem hade de besegrat sin ärkenemesis Shredder. Nu när vi träffar dem igen har de glidit ifrån varandra. Men när hela staden New Yorks existens hotas av en armé av uråldriga monster under ledning av en galen industriman måste Turtles ninjamästare Splinter förena den gröna kvartetten igen.