För att rentvå sina förfäders eventuella inblandning i mordet på Abraham Lincoln blir Ben Gates inblandad i ett äventyr där han med hjälp av gamla skattkartor, chiffer, lösenord och gåtor letar upp förcolombianska fornlämningar i form av en gyllene stad. En släkting i rakt nedstigande led till den som faktiskt mördade Lincoln, John Wilkes Booth, kämpar också för att återupprätta familjens rykte och heder genom att vara den som först hittar den gyllene staden.